転写産物はいくつ？
動画では、注目する遺伝子のある転写産物に含まれるエクソンの長さを調べましたね。今度は、遺伝子 ABCD1 に転写産物がいくつあるかを調べてみましょう。次を使って確認できます。
transcriptsBy(x, by = "gene")
遺伝子ごとの転写産物が得られたら、IDで任意の遺伝子を選べます。ABCD1 の遺伝子IDは 215 です。特定の遺伝子の情報を選択するコツは、遺伝子IDをバッククォートで囲むことです。例: transcripts$`215`。
この演習はコースの一部です
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演習の手順
- ヒトの転写産物DBを
hgに読み込みます。 seqlevels()を使って染色体 X を事前フィルタします。hgのすべての転写産物を"gene"単位で取得し、結果をhg_chrXtに保存して表示します。$を使ってhg_chrXtから遺伝子`215`を選択します。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Load the human transcripts DB to hg
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
hg <- ___
# Prefilter chromosome X "chrX" using seqlevels()
___(___) <- c(___)
# Get all transcripts by gene and print it
hg_chrXt <- transcriptsBy(___, by = ___)
hg_chrXt
# Select gene `215` from the hg_chrXt
___$___