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演習

転写産物はいくつ？

動画では、注目する遺伝子のある転写産物に含まれるエクソンの長さを調べましたね。今度は、遺伝子 ABCD1 に転写産物がいくつあるかを調べてみましょう。次を使って確認できます。

transcriptsBy(x, by = "gene")

遺伝子ごとの転写産物が得られたら、IDで任意の遺伝子を選べます。ABCD1 の遺伝子IDは 215 です。特定の遺伝子の情報を選択するコツは、遺伝子IDをバッククォートで囲むことです。例: transcripts$`215`。

指示

100 XP
  • ヒトの転写産物DBを hg に読み込みます。
  • seqlevels() を使って染色体 X を事前フィルタします。
  • hg のすべての転写産物を "gene" 単位で取得し、結果を hg_chrXt に保存して表示します。
  • $ を使って hg_chrXt から遺伝子 `215` を選択します。