復習として、BSgenome パッケージにはさまざまな公開ゲノムが含まれています。利用可能なゲノムを確認するには、次を使います。
BSgenome
available.genomes()
名前の一覧は BSgenome.speciesName.provider.version の形式で表示されます。
この関数を実行したあと、次のうち、利用可能なゲノムの主要なプロバイダはどれですか？
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理論を実践に変える、インタラクティブな演習のひとつをお試しください
この章では、Bioconductorを実際に操作して学びます。Bioconductorは、Rコミュニティによって開発・維持されるバイオインフォマティクス用の特化リポジトリです。Bioconductorパッケージのインストール方法と使い方を学びます。さらに、Bioconductorの多くのパッケージがS4を継承しているため、S4オブジェクトと関数についても紹介します。加えて、実際の真菌のゲノムデータセットを使って、BSgenomeパッケージを探索します。
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ShortReadは、fastaおよびfastqファイルの読み込み、操作、品質評価のためのパッケージです。対象となる配列の抽出、トリミング、フィルタリングができ、品質レポートの作成も可能です。章の終盤には、並列品質評価のためのツールRqcも紹介します。ここでは植物ゲノムの配列を使って学習します。
