読み取りをその場でフィルタリング！
もし、ファイルのすべてのリードのうち一部だけに興味があるとしたらどうしますか？フィルターを使いましょう！
たとえば、パターン "ATGCA" で始まるリードだけに関心があるとします。次のような小さなフィルタリング関数で、srFilter() を使って実現できます。
myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")
この関数は、すでに用意されています。ShortRead 由来のオブジェクトを入力として受け取り、先頭がパターン "ATGCA" のリードだけを出力します。さっそく使ってみましょう！
この演習はコースの一部です
Rで始めるBioconductor入門
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Load package ShortRead
library(ShortRead)
# Check class of fqsample
___
# Filter reads into selectedReads using myStartFilter
selectedReads <- fqsample[___(___)]
# Check class of selectedReads
___