読み取りをその場でフィルタリング！

もし、ファイルのすべてのリードのうち一部だけに興味があるとしたらどうしますか？フィルターを使いましょう！

たとえば、パターン "ATGCA" で始まるリードだけに関心があるとします。次のような小さなフィルタリング関数で、srFilter() を使って実現できます。

myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")

この関数は、すでに用意されています。ShortRead 由来のオブジェクトを入力として受け取り、先頭がパターン "ATGCA" のリードだけを出力します。さっそく使ってみましょう！

fqsample のクラスを確認します。
フィルター myStartFilter() を fqsample に適用し、結果を selectedReads に保存します。
selectedReads のクラスを確認します。