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演習

fastq ファイルからサンプルを抽出する

多数のリードからサンプルを取り出してみましょう。

前の演習で読み込んだのと同じファイルを使います。このファイルには、50 bp のリードが 500 本含まれています。ファイルパスは f というオブジェクトに入っています。

FastqSampler(con = file_path, n = length)、set.seed()、yield() を使うと、シーケンスファイルから 100 本のリードを抽出できます。

指示

100 XP
  • ShortRead を読み込みます。
  • set.seed() に値 1234 を指定します。
  • FastqSampler() に f にある小さな fastq ファイルを渡し、100 本のリードを選択します。
  • yield() を使ってサブシーケンスを生成します。