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fastq ファイルからサンプルを抽出する

多数のリードからサンプルを取り出してみましょう。

前の演習で読み込んだのと同じファイルを使います。このファイルには、50 bp のリードが 500 本含まれています。ファイルパスは f というオブジェクトに入っています。

FastqSampler(con = file_path, n = length)、set.seed()、yield() を使うと、シーケンスファイルから 100 本のリードを抽出できます。

この演習はコースの一部です

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演習の手順

  • ShortRead を読み込みます。
  • set.seed() に値 1234 を指定します。
  • FastqSampler() に f にある小さな fastq ファイルを渡し、100 本のリードを選択します。
  • yield() を使ってサブシーケンスを生成します。

実践的なインタラクティブ演習

このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。

# Load ShortRead
library(ShortRead)

# Set a seed for sampling
___

# Use FastqSampler with f and select 100 reads
fs <- ___(con = ___, ___ = ___)

# Generate new sample yield
my_sample <- ___

# Print my_sample
___
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