1. 学ぶ
    2. /
  2. コース
    3. /
  3. Rで始めるBioconductor入門
Connected

演習

GenomicRanges のアクセサ

前の演習では、基本情報を含むデータフレームから GRanges オブジェクトを作成しました。GRanges にはもっと多くの情報を保存できることがわかります！

アクセサーメソッドを使って、GRanges オブジェクト myGR を探ってみましょう。染色体名、配列数、各配列の名前、ストランド、スコア、長さなど、GRanges からさまざまな特性を取り出せます。

以下は GRanges の基本的なアクセサです。

seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)

アクセサの完全な一覧は、methods(class = "GRanges") で確認できます。

指示

100 XP
  • myGR の配列（シーケンス）情報を取得します。
  • mcols() を使ってメタデータを確認します。