GenomicRanges のアクセサ
前の演習では、基本情報を含むデータフレームから GRanges オブジェクトを作成しました。GRanges にはもっと多くの情報を保存できることがわかります!
アクセサーメソッドを使って、GRanges オブジェクト myGR を探ってみましょう。染色体名、配列数、各配列の名前、ストランド、スコア、長さなど、GRanges からさまざまな特性を取り出せます。
以下は GRanges の基本的なアクセサです。
seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)
アクセサの完全な一覧は、methods(class = "GRanges") で確認できます。
この演習はコースの一部です
Rで始めるBioconductor入門
演習の手順
myGRの配列(シーケンス)情報を取得します。mcols()を使ってメタデータを確認します。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Load GenomicRanges
library(___)
# Print the seqinfo of myGR
___
# Check the metadata
___