シーケンス品質を探索する
今度はあなたの番です。fqsample に対して品質管理(QC)を実行しましょう。これは、後続の解析を始める前にデータの問題を素早く見つけるための重要なステップです。
quality() 内の各文字のエンコーディング値を確認するには、encoding() を使います。
encoding(quality(fqsample))
品質評価(QA)のサマリーには qa() を使います。
qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)
この qaSummary はすでに作成済みです。QA の各要素には、確認したい要素名を nameElement として qaSummary[["nameElement"]] のようにアクセスできます。
この演習はコースの一部です
Rで始めるBioconductor入門
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Load ShortRead
library(___)
# Check quality
___(___)