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演習

シーケンス品質を探索する

今度はあなたの番です。fqsample に対して品質管理（QC）を実行しましょう。これは、後続の解析を始める前にデータの問題を素早く見つけるための重要なステップです。

quality() 内の各文字のエンコーディング値を確認するには、encoding() を使います。

encoding(quality(fqsample))

品質評価（QA）のサマリーには qa() を使います。

qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)

この qaSummary はすでに作成済みです。QA の各要素には、確認したい要素名を nameElement として qaSummary[["nameElement"]] のようにアクセスできます。

指示1 / 3

undefined XP
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  • ShortRead を読み込みます。
  • シーケンスファイル fqsample の品質を確認します。