ここまでで、短鎖リード配列解析の初期段階に役立つツールを備えた ShortRead パッケージを紹介しました。まとめると、このパッケージの主な機能は次のとおりです。
ShortRead
この文脈で、2種類のファイル形式 fasta と fastq に触れました。
fastq 形式のファイルを使う理由は何だと思いますか？
この演習はコースの一部です
理論を実践に変える、インタラクティブな演習のひとつをお試しください
この章では、Bioconductorを実際に操作して学びます。Bioconductorは、Rコミュニティによって開発・維持されるバイオインフォマティクス用の特化リポジトリです。Bioconductorパッケージのインストール方法と使い方を学びます。さらに、Bioconductorの多くのパッケージがS4を継承しているため、S4オブジェクトと関数についても紹介します。加えて、実際の真菌のゲノムデータセットを使って、BSgenomeパッケージを探索します。
Biostringsは、メモリ効率の高い文字列コンテナです。Biostringsにはマッチングアルゴリズムや各種ユーティリティが備わっており、大規模な生物配列や配列集合を高速に操作できます。配列に適したコンテナを使うことで、どれだけ効率化できるのでしょうか？この章では、アルファベットと配列操作について、あるウイルスの小さなゲノムを使って学びます。
IRangesとGenomicRangesパッケージも、ゲノム上に定義された区間や変数を保存・操作するためのコンテナです。これらの充実した機能により、多くのBioconductorパッケージの基盤として利用されています。これらのコンテナと関連メタデータを用いて、配列をどのように操作するかを学びます。題材として、人のゲノムにある特定の注目遺伝子を扱います。
ShortReadは、fastaおよびfastqファイルの読み込み、操作、品質評価のためのパッケージです。対象となる配列の抽出、トリミング、フィルタリングができ、品質レポートの作成も可能です。章の終盤には、並列品質評価のためのツールRqcも紹介します。ここでは植物ゲノムの配列を使って学習します。
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