IRanges の構築
動画では、IRanges のコンストラクタの例をいくつか紹介しました。ここでは、異なる引数でシーケンス範囲を作成し、これらの引数がどのように再利用・補完されるかを練習します。
IRanges() 関数では、start、end、width などのパラメータを指定できます。これらの入力は次の2つのカテゴリのいずれかに当てはまります。
start、end、widthは数値ベクトル。startパラメータが論理ベクトル。
指定しなかった引数は、width = end - start + 1 という式で補われます。
IRanges() コンストラクタは、すべてのパラメータが既定で NULL の任意指定であることを示しています。
IRanges(start = NULL, end = NULL, width = NULL, names = NULL)
この演習はコースの一部です
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演習の手順
次の引数で IRanges オブジェクトを3つ作成してください。
IRnum1:startは 1 から 5 までの値のベクトル、endは 100。IRnum2:endは 100、widthは 89 と 10 の2つ。IRlog1:startはRle(c(F, T, T, T, F, T, T, T))。- オブジェクトを出力して結果を確認しましょう！
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Load IRanges package
library(___)
# IRnum1: start - vector 1 through 5, end - 100
IRnum1 <- ___
# IRnum2: end - 100, width - 89 and 10
IRnum2 <- ___
# IRlog1: start = Rle(c(F, T, T, T, F, T, T, T)))
IRlog1 <- IRanges(___ = Rle(___))
# Print objects in a list
print(list(IRnum1 = IRnum1, IRnum2 = IRnum2, IRlog1 = IRlog1))