ヒトゲノムのX染色体
ここからは、TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene パッケージを使って情報を取り出してみましょう。動画と同様に、genes() 関数を使い、引数 filter に tx_chrom = "chrX" を指定して、X染色体上のすべての遺伝子をサブセットします。その後、この遺伝子集合を探索します。
filter には、特定のゲノム区間を選択するための条件を list() で渡すことを思い出してください。
他のフィルターを試したい場合は、次の名前が有効です："gene_id", "tx_id", "tx_name", "tx_chrom", "tx_strand", "exon_id", "exon_name", "exon_chrom", "exon_strand", "cds_id", "cds_name", "cds_chrom", "cds_strand", "exon_rank"。
この演習はコースの一部です
Rで始めるBioconductor入門
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Load human reference genome hg38
library(___)
# Assign hg38 to hg, then print it
___
hg