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演習

ヒトゲノムのX染色体

ここからは、TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene パッケージを使って情報を取り出してみましょう。動画と同様に、genes() 関数を使い、引数 filter に tx_chrom = "chrX" を指定して、X染色体上のすべての遺伝子をサブセットします。その後、この遺伝子集合を探索します。

filter には、特定のゲノム区間を選択するための条件を list() で渡すことを思い出してください。

他のフィルターを試したい場合は、次の名前が有効です："gene_id", "tx_id", "tx_name", "tx_chrom", "tx_strand", "exon_id", "exon_name", "exon_chrom", "exon_strand", "cds_id", "cds_name", "cds_chrom", "cds_strand", "exon_rank"。

指示1 / 3

undefined XP
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  • library() で TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene を読み込み、hg に代入して、出力を表示します。