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表形式データから Genomic Ranges へ

この動画では、GRanges オブジェクトの作成方法を学びました。seqnames、start、end を使って、範囲の名前・開始位置・終了位置を指定して GRange を定義できます。もし表形式のデータがあれば、それを GRanges オブジェクトに変換することもできます。多くの場合に配列区間を保存しているであろうデータフレーム seq_intervals を使いましょう。注: tibble に慣れている場合は、tibble を使ってもかまいません。

ここでは、あらかじめ用意されたデータフレーム seq_intervals を as() 関数で GRanges オブジェクトに変換します。as() 関数は前の動画で紹介しました。オブジェクトと変換先クラス名を受け取り、そのクラスに変換します。

この演習はコースの一部です

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演習の手順

  • GenomicRanges を読み込みます。
  • seq_intervals を出力して中身を確認します。
  • seq_intervals を GRanges オブジェクトに変換し、新しいオブジェクト名を myGR とします。
  • myGR を出力します。

実践的なインタラクティブ演習

このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。

# Load GenomicRanges package
library(GenomicRanges)

# Print seq_intervals
___

# Create myGR
___ <- ___(___, "___")

# Print myGR
___
コードを編集して実行