表形式データから Genomic Ranges へ

この動画では、GRanges オブジェクトの作成方法を学びました。seqnames、start、end を使って、範囲の名前・開始位置・終了位置を指定して GRange を定義できます。もし表形式のデータがあれば、それを GRanges オブジェクトに変換することもできます。多くの場合に配列区間を保存しているであろうデータフレーム seq_intervals を使いましょう。注: tibble に慣れている場合は、tibble を使ってもかまいません。

ここでは、あらかじめ用意されたデータフレーム seq_intervals を as() 関数で GRanges オブジェクトに変換します。as() 関数は前の動画で紹介しました。オブジェクトと変換先クラス名を受け取り、そのクラスに変換します。