6フレーム内で保存領域を見つける

ここまで到達した皆さん、おめでとうございます！

ここからは、ジカウイルス配列の中から NS5 タンパク質配列を探していきます。NS5 は非常に保存性の高いウイルスタンパク質です。今回は Uniprot から取得し、すでに読み込んであります。

ジカウイルスの DNA 配列は RNAStringSet に転写され、rnaframesZikaSet という名前で用意されています。セットには6つのリーディングフレーム（各配列1フレーム）が含まれており、これらをアミノ酸に翻訳します。検索時には、vcountPattern() の呼び出しで max.mismatch 引数を設定して、検索にある程度の柔軟性を持たせます。