さらにフィルタリング！
素晴らしいです！リードのフィルタリングに慣れてきたところで、polynFilter() 関数を使ってみましょう。この関数は、連続した同一ヌクレオチドの数が指定した閾値未満のリードを選択します。たとえば、polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) は、連続する A の数が 20 未満のすべてのリードを選択します。パラメータ nuc はヌクレオチドの IUPAC 記号を含む文字ベクトル、または非ヌクレオチド記号すべてを対象にする "other" を指定できます。
fqsample オブジェクトはワークスペースに用意されています。
この演習はコースの一部です
Rで始めるBioconductor入門
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Check reads of fqsample
___
# Create myFil using polynFilter
myFil <- ___
# Check myFil
myFil