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演習

さらにフィルタリング！

素晴らしいです！リードのフィルタリングに慣れてきたところで、polynFilter() 関数を使ってみましょう。この関数は、連続した同一ヌクレオチドの数が指定した閾値未満のリードを選択します。たとえば、polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) は、連続する A の数が 20 未満のすべてのリードを選択します。パラメータ nuc はヌクレオチドの IUPAC 記号を含む文字ベクトル、または非ヌクレオチド記号すべてを対象にする "other" を指定できます。

fqsample オブジェクトはワークスペースに用意されています。

指示1 / 3

undefined XP
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  • ShortRead オブジェクト fqsample から、適切な関数を使って配列（シーケンス）を抽出します。
  • 次のパラメータで polynFilter を使い、myFil というフィルタを作成します。
    • ヌクレオチドの threshold を 3。
    • 文字ベクトル nuc を "A" にする。
  • 作成したフィルタをコンソールに出力して確認します。