よく使う配列操作関数
ここまでで、代表的な配列操作関数を学びました。
reverse()
complement()
reverseComplement()
translate()
実際の解析では、これらの関数を使って非常に長い配列も操作できます。
ただし、この演習では関数の効果を分かりやすく見るために小さな部分配列を使います。Zika ウイルスのゲノムから事前に抽出したオブジェクト zikv は、30 塩基だけを含みます。
この演習はコースの一部です
Rで始めるBioconductor入門
演習の手順
zikv を使って関数を試してみましょう。
- 配列を逆順にします。
- 配列の相補配列を求めます。
- 逆相補配列を求めます。
- 配列を翻訳します。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Reverse the zikv sequence
reverse(___)
# Complement the zikv sequence
___
# Reverse complement the zikv sequence
___
# Translate the zikv sequence
___