パターンの検索

vmatchPattern() を使って、zikaVirus のセット内で特定のパターンが現れる場所を探してみましょう。続いて、同じパターンを単一配列 zikv に対して matchPattern() で検索してみます。

# For Sets
vmatchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG", 
              subject = zikaVirus, max.mismatch = 1)

# For single sequences
matchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG", 
              subject = zikv, max.mismatch = 1)

どちらの関数でも見つかる出現回数は同じですが、出力の形式は異なることに気づくはずです。それぞれのパターン検索を個別に実行したとき、ヒット数はいくつになりますか？

2 件の一致

1 件の一致

25 件の一致

演習