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  3. RJAGS によるベイズモデリング
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演習

複数のチェーン

トレースプロットは、マルコフ連鎖シミュレーションの品質を診断するために役立ちます。「良い」マルコフ連鎖は、チェーンの長さが増加するにつれて安定性を示し、繰り返しシミュレーション、つまり複数のチェーン全体で一貫性を持ちます。以下では、RJAGS を使用して4つの並列チェーンを実行し、トレースプロットを作成します。定義済みの sleep_model はワークスペースに用意されています。

指示

100 XP

  • jags.model() を使用して sleep_model をコンパイルし、4つの並列チェーンを初期化します。出力を sleep_jags_multi という名前の jags オブジェクトに格納します。

  • m と s の事後モデルから1,000サンプルの事後分布をシミュレートします。この mcmc.list を sleep_sim_multi に格納します。

  • sleep_sim_multi の head() を確認します。4つの並列チェーンを含む4つのリスト要素に注目しましょう。

  • plot() を使用して、複数のチェーンのトレースプロットを作成します。密度プロットは非表示にします。