マルコフ連鎖の密度プロット
トレースプロットがマルコフ連鎖の時系列的な挙動を表すのに対し、密度プロットは連鎖の値の最終的な分布を示します。密度プロットは事後モデルの近似として機能します。ここでは、\(m\) のマルコフ連鎖の密度プロットを作成して確認しましょう。mcmc.list オブジェクト sleep_sim と データフレーム sleep_chains はワークスペースに用意されています。
sleep_sim <- coda.samples(model = sleep_jags, variable.names = c("m", "s"), n.iter = 10000)
sleep_chains <- data.frame(sleep_sim[[1]], iter = 1:10000)
この演習はコースの一部です
RJAGS によるベイズモデリング
演習の手順
sleep_simにtrace = FALSEを指定してplot()を適用し、\(m\) と \(s\) の連鎖の密度プロットを作成してください。sleep_chainsにggplot()を適用して、\(m\) の連鎖の密度プロットを再作成してください。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Use plot() to construct density plots of the m and s chains
# Use ggplot() to construct a density plot of the m chain
ggplot(___, aes(x = ___)) +
___()