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  3. RJAGS によるベイズモデリング
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演習

マルコフ連鎖の密度プロット

トレースプロットがマルコフ連鎖の時系列的な挙動を表すのに対し、密度プロットは連鎖の値の最終的な分布を示します。密度プロットは事後モデルの近似として機能します。ここでは、\(m\) のマルコフ連鎖の密度プロットを作成して確認しましょう。mcmc.list オブジェクト sleep_sim と データフレーム sleep_chains はワークスペースに用意されています。

sleep_sim <- coda.samples(model = sleep_jags, variable.names = c("m", "s"), n.iter = 10000)
sleep_chains <- data.frame(sleep_sim[[1]], iter = 1:10000)

指示

100 XP

  • sleep_sim に trace = FALSE を指定して plot() を適用し、\(m\) と \(s\) の連鎖の密度プロットを作成してください。

  • sleep_chains に ggplot() を適用して、\(m\) の連鎖の密度プロットを再作成してください。