वोल्कैनो प्लॉट
अब आप ल्यूकीमिया स्टडी में डिफरेंशियल एक्सप्रेशन की सीमा को विज़ुअलाइज़ करने के लिए एक वोल्कैनो प्लॉट बनाएँगे, जहाँ y-axis पर डिफरेंशियल एक्सप्रेशन के log odds और x-axis पर log fold change दिखाया जाता है.
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में limma के साथ Differential Expression Analysis
अभ्यास निर्देश
Chapter 2 की ल्यूकीमिया स्टडी का fitted मॉडल ऑब्जेक्ट fit2 आपके वर्कस्पेस में लोड है. limma पैकेज पहले से लोड है.
टॉप 5 genes को हाइलाइट करते हुए एक वोल्कैनो प्लॉट बनाएँ.
डेटा फ्रेम
fit2$genesकेsymbolकॉलम को आर्ग्युमेंटnamesमें पास करके, टॉप 5 genes को उनके gene symbols से लेबल करें.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Create a volcano plot. Highlight the top 5 genes
___(fit2, highlight = ___, names = ___)