ग्रुप-मीन्स के लिए डिफरेंशियल एक्सप्रेशन का टेस्ट
अब जब आपने डिजाइन मैट्रिक्स और कॉन्ट्रास्ट्स मैट्रिक्स निर्दिष्ट कर दी है, तो आप डिफरेंशियल एक्सप्रेशन के लिए टेस्ट चला सकते हैं।
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में limma के साथ Differential Expression Analysis
अभ्यास निर्देश
ल्यूकेमिया डेटा वाला ExpressionSet ऑब्जेक्ट eset, डिजाइन मैट्रिक्स (design), और कॉन्ट्रास्ट्स मैट्रिक्स (cm) आपके वर्कस्पेस में लोड हैं.
lmFitसे मॉडल कोएफिशिएंट्स फिट कीजिए.contrasts.fitसे कॉन्ट्रास्ट्स फिट कीजिए.eBayesसे t-स्टैटिस्टिक्स निकालिए.decideTestsसे रिज़ल्ट्स का सारांश बनाइए. आपको treatment-contrasts पैरामीटराइज़ेशन की तरहfit2को subset करने की ज़रूरत नहीं है क्योंकि group-means मॉडल में intercept टर्म नहीं होता.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)