3 समूहों के लिए डिज़ाइन मैट्रिक्स
हाइपॉक्सिया प्रयोग में, स्टेम सेल्स को ऑक्सीजन के 3 अलग-अलग स्तरों: 1%, 5%, और 21% के संपर्क में रखा गया। इन 3 अलग-अलग वातावरणों में सेलुलर फ़ंक्शन की तुलना करने के लिए, group-means पैरामीट्राइज़ेशन का उपयोग करके ऐसा लीनियर मॉडल निर्दिष्ट करें जिसमें ऑक्सीजन के हर स्तर के लिए एक-एक कोएफ़िशिएंट हो।
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में limma के साथ Differential Expression Analysis
अभ्यास निर्देश
हाइपॉक्सिया डेटा वाला ExpressionSet ऑब्जेक्ट eset आपके वर्कस्पेस में लोड कर दिया गया है।
model.matrixका उपयोग करके बिना इंटरसेप्ट वाला डिज़ाइन मैट्रिक्स बनाएँ। याद रखें कि इस स्टडी का इंटरेस्ट वैरिएबल (ऑक्सीजन के 3 स्तर) फ़ीनोटाइप डेटा फ़्रेम की कॉलमoxygenमें है।
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)