3 समूहों के लिए कॉन्ट्रास्ट मैट्रिक्स
ऑक्सीजन के 3 स्तरों के बीच डिफरेंशियली एक्सप्रेस्ड जीन्स पहचानने के लिए, आपको 3 पेयरवाइज़ कॉन्ट्रास्ट परिभाषित करने होंगे।
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में limma के साथ Differential Expression Analysis
अभ्यास निर्देश
ExpressionSet ऑब्जेक्ट eset जिसमें hypoxia डेटा है और वह design मैट्रिक्स (design) जो आपने अभी बनाई है, आपके वर्कस्पेस में लोड हैं।
makeContrastsका उपयोग करके 3 पेयरवाइज़ कॉन्ट्रास्ट परिभाषित कीजिए। ध्यान रखें कि design मैट्रिक्स के कॉलम नाम बिना उद्धरण-चिह्नों के उपयोग करने हैं।
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
ox21vox01 = ___ - ___,
ox21vox05 = ___ - ___,
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm