2x2 फैक्टोरियल के लिए डिजाइन मैट्रिक्स
पेड़ों की वृद्धि पर सूखे के प्रभाव का अध्ययन करने वाले इस 2x2 फैक्टोरियल प्रयोग में, Populus पेड़ों के 2 भिन्न प्रकारों को पानी की 2 अलग-अलग मात्राओं के साथ उगाया गया। प्रत्येक समूह के लिए एक-एक मॉडल कोएफ़िशिएंट पाने के लिए, आपको पहले इन दोनों वैरिएबल्स को संयोजित करना होगा।
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में limma के साथ Differential Expression Analysis
अभ्यास निर्देश
Populus डेटा वाला ExpressionSet ऑब्जेक्ट eset आपके वर्कस्पेस में लोड है।
वैरिएबल्स
type(पेड़ का प्रकार) औरwater(सामान्य बनाम सूखा) को मिलाकर एक सिंगल फ़ैक्टर वैरिएबल बनाएँ।model.matrixका उपयोग करके बिना इंटरसेप्ट के एक डिजाइन मैट्रिक्स बनाएँ।
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)