बैच इफ़ेक्ट्स को विज़ुअलाइज़ करें
ओल्फ़ैक्टरी स्टेम सेल प्रयोग में 7 ट्रीटमेंट थे, प्रत्येक के 4 रेप्लिकेट, यानी कुल 28 सैंपल। हालांकि, इन 28 सैंपल को 4 अलग-अलग बैच में प्रोसेस किया गया था। ट्रीटमेंट का प्रभाव जैविक दृष्टि से महत्वपूर्ण है, लेकिन बैच का प्रभाव तकनीकी शोर है। डाइमेंशन रिडक्शन का उपयोग करके तय करें कि इन दो प्रभावों में से किसका जीन एक्सप्रेशन डेटा पर बड़ा असर पड़ा।
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में limma के साथ Differential Expression Analysis
अभ्यास निर्देश
ओल्फ़ैक्टरी स्टेम सेल डेटा वाला ExpressionSet ऑब्जेक्ट eset आपके वर्कस्पेस में लोड है.
प्रिंसिपल कंपोनेंट्स को प्लॉट करने के लिए
plotMDSका उपयोग करें। सैंपल को उनके प्राप्त ट्रीटमेंट से लेबल करें, औरgene.selectionको"common"पर सेट करें.प्रिंसिपल कंपोनेंट्स को दोबारा विज़ुअलाइज़ करें, इस बार सैंपल को उनके बैच से लेबल करें.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Load package
library(limma)
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")
# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")