Contrasts मैट्रिक्स
वाइल्ड टाइप और Top2b null चूहों के हृदय पर doxorubicin के प्रभाव (और ट्रीटमेंट व जीनोटाइप के बीच किसी भी इंटरेक्शन) की जाँच करने के लिए, आपको डिज़ाइन मैट्रिक्स के कॉइफ़िशिएंट्स के बीच कॉन्ट्रास्ट बनाने होंगे।
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में limma के साथ Differential Expression Analysis
अभ्यास निर्देश
आपके वर्कस्पेस में doxorubicin डेटा के साथ ExpressionSet ऑब्जेक्ट eset और डिज़ाइन मैट्रिक्स design लोड हैं। limma पैकेज पहले से लोड है।
वाइल्ड टाइप चूहों में doxorubicin के प्रभाव की जाँच के लिए
dox_wtबनाएँ।Top2b null चूहों में doxorubicin के प्रभाव की जाँच के लिए
dox_top2bबनाएँ।दोनों प्रकार के चूहों में doxorubicin के प्रति रिस्पॉन्स में अंतर जाँचने के लिए एक interaction term बनाएँ (संकेत:
dox_top2bऔरdox_wtका कॉन्ट्रास्ट करें)।
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(dox_wt = ___ - ___,
dox_top2b = ___ - ___,
interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm