पाथवे एन्क्रिचमेंट
doxorubicin अध्ययन में डिफरेंशियली एक्सप्रेस्ड जीन के प्रभाव को बेहतर समझने के लिए, आप KEGG डेटाबेस में क्यूरेट किए गए ज्ञात बायोलॉजिकल पाथवे के एन्क्रिचमेंट की जाँच करेंगे. कॉन्ट्रास्ट "dox_wt" और "interaction" के लिए डिफरेंशियली एक्सप्रेस्ड जीन में कौन-से KEGG पाथवे अधिक-प्रतिनिधित्वित हैं?
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में limma के साथ Differential Expression Analysis
अभ्यास निर्देश
फिट किया हुआ मॉडल ऑब्जेक्ट fit2 आपके वर्कस्पेस में लोड है। limma पैकेज पहले से लोडेड है।
डेटा फ़्रेम
fit2$genesसे entrez Gene IDs निकालिए।कॉन्ट्रास्ट
"dox_wt"के लिएkeggaसे एन्क्रिच्ड KEGG पाथवे टेस्ट कीजिए। प्रजाति Mus musculus के लिए species"Mm"सेट करें।topKEGGसे टॉप 5 एन्क्रिच्ड KEGG पाथवे देखें।कॉन्ट्रास्ट
"interaction"के लिए भी यही पाथवे एन्क्रिचमेंट दोहराएँ।
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast dox_wt
enrich_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(enrich_dox_wt, number = 5)
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast interaction
enrich_interaction <- ___(fit2, coef = ___, geneid = ___, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(___, number = ___)