ExpressionSet ऑब्जेक्ट के साथ एक बॉक्सप्लॉट बनाएँ
अब जब आपने सभी प्रायोगिक डेटा को एक ही ExpressionSet ऑब्जेक्ट में जोड़ दिया है, तो फीचर्स और सैंपल्स को सबसेट करना अधिक सुविधाजनक हो जाता है। इस अभ्यास में, आप फिर से एक जीन को विजुअलाइज़ करने के लिए बॉक्सप्लॉट बनाएँगे, लेकिन इस बार प्लॉट में शामिल सैंपल्स का भी सबसेट करेंगे।
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में limma के साथ Differential Expression Analysis
अभ्यास निर्देश
ExpressionSet eset आपके वर्कस्पेस में लोड है.
esetको केवल पहले 10 सैंपल्स (कॉलम) तक सबसेट करें.एक्सेसर फंक्शन
exprs,pData, औरfDataका उपयोग करते हुएeset_subमें 1000वें जीन (अर्थात् पंक्ति) का बॉक्सप्लॉट बनाएँ.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]
# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)
# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])