p-values का हिस्टोग्राम
एक अच्छा डायग्नोस्टिक प्लॉट p-values का हिस्टोग्राम होता है। यदि कम p-values की घनता अधिक हो, तो यह कई अलग-अलग तरह से व्यक्त होने वाले जीन दर्शाता है; जबकि एक समान रूप से वितरित हिस्टोग्राम दर्शाता है कि ऐसे बहुत कम हैं। ल्यूकेमिया अध्ययन के लिए p-value का हिस्टोग्राम बनाइए।
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में limma के साथ Differential Expression Analysis
अभ्यास निर्देश
Chapter 2 के ल्यूकेमिया अध्ययन का fitted मॉडल ऑब्जेक्ट fit2 आपके वर्कस्पेस में लोड किया गया है। limma पैकेज पहले से लोड है.
प्रत्येक जीन के लिए summary statistics पाने के लिए
topTableका उपयोग करें.हर जीन के नतीजे पाने के लिए, आर्ग्युमेंट
numberकोfit2की पंक्तियों की संख्या पर सेट करें.महत्व-स्तर के आधार पर sorting को बंद करने के लिए, आर्ग्युमेंट
sort.byको"none"पर सेट करें.p-values का हिस्टोग्राम बनाने के लिए
histका उपयोग करें.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Obtain the summary statistics for every gene
stats <- ___(fit2, number = ___, sort.by = ___)
# Plot a histogram of the p-values
___(stats[, ___])