डिफरेंशियल एक्सप्रेशन के लिए टेस्ट करें
अब जब आपने एक डिज़ाइन मैट्रिक्स और एक कॉन्ट्रास्ट्स मैट्रिक्स परिभाषित कर ली है, तो आप दो प्रकार की चूहों में doxorubicin ट्रीटमेंट के कारण होने वाले डिफरेंशियल एक्सप्रेशन का परीक्षण कर सकते हैं।
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में limma के साथ Differential Expression Analysis
अभ्यास निर्देश
आपके वर्कस्पेस में doxorubicin डेटा वाला ExpressionSet ऑब्जेक्ट eset, डिज़ाइन मैट्रिक्स design, और कॉन्ट्रास्ट्स मैट्रिक्स cm लोड हैं। limma पैकेज पहले से लोड है।
lmFitसे मॉडल कोएफिशिएंट फिट करें।contrasts.fitसे कॉन्ट्रास्ट्स फिट करें।eBayesसे t-स्टैटिस्टिक्स निकालें।decideTestsऔरvennDiagramसे परिणामों का सारांश निकालें।
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)
# Create a Venn diagram
___(results)