KEGG pathways
डिफरेंशियल एक्सप्रेशन के नतीजों की व्याख्या आसान बनाने के लिए, एक आम तकनीक यह है कि ज्ञात gene sets में enrichment की जाँच की जाए। KEGG डेटाबेस में क्यूरेटेड gene sets होते हैं जिनके बारे में ज्ञात है कि वे एक ही जैविक pathway में परस्पर क्रिया करते हैं. ल्यूकीमिया अध्ययन के differentially expressed genes में कौन-से KEGG pathways अधिक-प्रतिनिधित (over-represented) हैं?
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में limma के साथ Differential Expression Analysis
अभ्यास निर्देश
Chapter 2 के ल्यूकीमिया अध्ययन का fitted मॉडल ऑब्जेक्ट fit2 आपके workspace में लोड है। limma पैकेज पहले से लोड है.
डेटा फ़्रेम
fit2$genesसे Entrez Gene IDs निकालिए.keggaसे enriched KEGG pathways के लिए परीक्षण कीजिए। species को Homo sapiens के लिए"Hs"सेट करें.topKEGGसे शीर्ष 20 enriched KEGG pathways देखें.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- fit2$genes[___]
# Test for enriched KEGG Pathways
enrich_kegg <- ___(fit2, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 20 enriched KEGG pathways
___(enrich_kegg)