जीन ऑण्टोलॉजी कैटेगरीज़
पिछले अभ्यास में, आपने जैविक pathways में enrichment का परीक्षण किया था। अब आप उन जीन सेट्स में enrichment जाँचेंगे जो एक ही जैविक प्रक्रिया को प्रभावित करने के लिए जाने जाते हैं, जिन्हें जीन ऑण्टोलॉजी (GO) कैटेगरीज़ कहा जाता है. ल्यूकेमिया अध्ययन के differentially expressed genes में कौन-सी GO कैटेगरीज़ अधिक प्रतिनिधित्व (over-represented) दिखाती हैं?
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में limma के साथ Differential Expression Analysis
अभ्यास निर्देश
Chapter 2 के ल्यूकेमिया अध्ययन का fitted मॉडल ऑब्जेक्ट fit2 आपके वर्कस्पेस में लोड है। limma पैकेज पहले से लोड है.
डेटा फ्रेम
fit2$genesसे entrez Gene IDs निकालिए.goanaसे enriched GO कैटेगरीज़ का परीक्षण कीजिए। species को Homo sapiens के लिए"Hs"सेट करें.topGOसे टॉप 20 enriched GO कैटेगरीज़ देखें। Biological Processes पाने के लिए आर्ग्युमेंटontologyको"BP"सेट करें.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched GO categories
enrich_go <- ___(fit2[1:500, ], geneid = ___, species = ___)
# View the top 20 enriched GO Biological Processes
___(enrich_go, ontology = ___)