Top2b का बॉक्सप्लॉट
अब एक sanity check: Top2b के expression level का बॉक्सप्लॉट बनाएँ ताकि यह पुष्टि हो सके कि null चूहों में Top2b expression कम है.
याद कीजिए, आपने ऐसा ही एक बॉक्सप्लॉट Chapter 1 Exercise 4 में बनाया था.
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में limma के साथ Differential Expression Analysis
अभ्यास निर्देश
आपके workspace में doxorubicin डेटा वाला ExpressionSet ऑब्जेक्ट eset लोड किया गया है.
feature डेटा के
"symbol"कॉलम में"Top2b"खोजकर वह row ढूँढें जिसमें Top2b का डेटा है.फॉर्मूला सिंटैक्स का उपयोग करके बॉक्सप्लॉट बनाएँ. expression level
~के बाएँ होना चाहिए, और genotype वैरिएबल दाएँ.प्लॉट का शीर्षक देने के लिए feature डेटा फ़्रेम की वह row
mainको पास करें.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Find the row which contains Top2b expression data
top2b <- which(___(eset)[___] == "Top2b")
# Plot Top2b expression versus genotype
boxplot(___(eset)[top2b, ] ~ ___(eset)[___],
main = ___(eset)[top2b, ])