वोल्कैनो प्लॉट
अब आप प्रत्येक कॉन्ट्रास्ट के लिए डिफरेंशियल एक्सप्रेशन की सीमा को वोल्कैनो प्लॉट से विज़ुअलाइज़ करेंगे, जो y-axis पर डिफरेंशियल एक्सप्रेशन की log odds और x-axis पर log fold change दिखाता है।
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में limma के साथ Differential Expression Analysis
अभ्यास निर्देश
फिट किया गया मॉडल ऑब्जेक्ट fit2 आपके वर्कस्पेस में लोड है। limma पैकेज पहले से लोड है।
डेटा फ़्रेम
fit2$genesसे gene symbols (symbol) एक्सेस कीजिए।ऐसा वोल्कैनो प्लॉट बनाइए जो 3 कॉन्ट्रास्ट्स में से प्रत्येक के लिए टॉप 5 genes को हाइलाइट करे।
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]
# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)