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डिज़ाइन मैट्रिक्स

Doxorubicin प्रयोग 2x2 फैक्टोरियल डिज़ाइन है, इसलिए आपको group-means पैरामीटराइज़ेशन में उपयोग के लिए एक संयोजित वैरिएबल बनाना होगा।

यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है

R में limma के साथ Differential Expression Analysis

पाठ्यक्रम देखें

अभ्यास निर्देश

Doxorubicin डेटा वाला ExpressionSet ऑब्जेक्ट eset आपके workspace में लोड कर दिया गया है.

  • genotype (WT बनाम Top2b null) और treatment (PBS बनाम Dox) वैरिएबल्स को मिलाकर एक सिंगल factor वैरिएबल बनाइए.

  • model.matrix का उपयोग करके बिना इंटरसेप्ट के एक डिज़ाइन मैट्रिक्स बनाइए.

इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास

इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।

# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)

# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)

# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)
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