3 समूहों के लिए डिफरेंशियल एक्सप्रेशन का परीक्षण
अब जब आपने डिजाइन मैट्रिक्स और कॉन्ट्रास्ट्स मैट्रिक्स तय कर दी है, तो आप डिफरेंशियल एक्सप्रेशन के लिए परीक्षण कर सकते हैं.
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में limma के साथ Differential Expression Analysis
अभ्यास निर्देश
Hypoxia डेटा वाला ExpressionSet ऑब्जेक्ट eset, डिजाइन मैट्रिक्स (design) और कॉन्ट्रास्ट्स मैट्रिक्स (cm) आपके वर्कस्पेस में लोड कर दिए गए हैं.
lmFitसे मॉडल कोएफिशिएंट्स फिट कीजिए.contrasts.fitसे कॉन्ट्रास्ट्स फिट कीजिए.eBayesसे t-statistics निकालिए.decideTestsसे परिणामों का सारांश निकालिए.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)