वैरिएशन के स्रोत जाँचें
अब आपको डेटा में वैरिएशन के स्रोत जाँचने के लिए principal components analysis का उपयोग करना है। क्या सैंपल अपने genotype (WT बनाम Top2b null) और treatment (PBS बनाम Dox) के आधार पर क्लस्टर होते हैं?
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में limma के साथ Differential Expression Analysis
अभ्यास निर्देश
Doxorubicin डेटा वाला ExpressionSet ऑब्जेक्ट eset आपके वर्कस्पेस में लोड है। limma पैकेज पहले से लोड है।
Principal components प्लॉट करने के लिए
plotMDSका उपयोग कीजिए। सैंपल को उनके genotype के अनुसार लेबल करें।Principal components को दोबारा विज़ुअलाइज़ कीजिए, इस बार सैंपल को उनके treatment के अनुसार लेबल करें।
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")