2 समूहों के बीच डिफरेन्शियल एक्सप्रेशन की जाँच करें
अब जब आपके पास ExpressionSet ऑब्जेक्ट और एक डिज़ाइन मैट्रिक्स है, तो आप limma के साथ अपना मॉडल फिट और टेस्ट कर सकते हैं।
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में limma के साथ Differential Expression Analysis
अभ्यास निर्देश
ल्यूकेमिया डेटा वाला ExpressionSet ऑब्जेक्ट eset और वह डिज़ाइन मैट्रिक्स (design) जो आपने अभी बनाया है, आपके वर्कस्पेस में लोड किया गया है।
lmFitके साथ मॉडल कोएफ़िशिएंट्स फिट करें।eBayesसे t-स्टैटिस्टिक्स निकालें।decideTestsसे परिणामों का सारांश लें।क्योंकि इंटरसेप्ट टर्म को टेस्ट करना तर्कसंगत नहीं है,
decideTestsचलाते समय कोएफ़िशिएंट"Diseasestable"निर्दिष्ट करें।
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)
# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)