2x2 फैक्टोरियल के लिए contrasts मैट्रिक्स
2x2 फैक्टोरियल डिज़ाइन में कई contrasts बनाए जा सकते हैं। आपको प्रत्येक water condition में पेड़ के प्रकार के बीच का अंतर जाँचना है, प्रत्येक पेड़ के लिए drought के प्रति प्रतिक्रिया में अंतर जाँचना है, और दोनों पेड़ों के प्रकारों के बीच drought के प्रति प्रतिक्रिया में अंतर जाँचना है (इसे पारंपरिक रूप से interaction effect कहा जाता है).
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में limma के साथ Differential Expression Analysis
अभ्यास निर्देश
ExpressionSet ऑब्जेक्ट eset जिसमें Populus डेटा है और अभी-अभी आपने जो design matrix (design) बनाई है, वे आपके workspace में लोड हैं.
drought condition में पेड़ के प्रकार (NM6 बनाम DN34) के प्रभाव की जाँच के लिए
type_droughtबनाइए.DN34 पेड़ों में drought के प्रभाव की जाँच के लिए
water_dn34बनाइए.दोनों प्रकार के पेड़ों के बीच drought के प्रति प्रतिक्रिया में अंतर की जाँच के लिए एक interaction term बनाइए (संकेत:
water_nm6औरwater_dn34का contrast कीजिए).
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(type_normal = nm6.normal - dn34.normal,
type_drought = ___ - ___,
water_nm6 = nm6.drought - nm6.normal,
water_dn34 = ___ - ___,
interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm