2 समूहों की तुलना के लिए एक linear मॉडल निर्दिष्ट करें
ल्यूकेमिया प्रयोग के लिए differentially expressed genes पहचानने के लिए, आपको निम्नलिखित linear मॉडल को R में अनुवाद करना है:
जहाँ \(X_{1}\) progressive cancers के लिए 1 और stable cancers के लिए 0 के बराबर है (नोट: R वर्णानुक्रम के आधार पर base condition अपने-आप चुनता है).
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में limma के साथ Differential Expression Analysis
अभ्यास निर्देश
ल्यूकेमिया डेटा वाला ExpressionSet ऑब्जेक्ट eset आपके वर्कस्पेस में लोड है.
model.matrixका उपयोग करते हुए एक design matrix बनाएँ, जिसमें एक intercept coefficient हो और एक coefficient जो disease status दर्शाए.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Create design matrix for leukemia study
design <- ___(~___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)