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Das Hefegenom in Abschnitte teilen

Genome sind oft groß, aber interessant sind meist nur bestimmte Bereiche. Deshalb müssen wir ein Genom in Teilstücke zerlegen, indem wir Abschnitte daraus extrahieren. Um ein Sequenzintervall auszuwählen, verwende getSeq() und gib den Namen des Chromosoms sowie Anfang und Ende des Sequenzintervalls an.

Im folgenden Beispiel werden die Basen von "chrI" von 100 bis 150 ausgewählt.

getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)

Hinweis: names ist optional; wenn es nicht angegeben wird, werden alle Chromosomen zurückgegeben. Die Parameter start und end sind ebenfalls optional und nehmen, falls nicht angegeben, standardmäßig die Werte 1 bzw. die Länge der Sequenz an.

Diese Übung ist Teil des Kurses

Einführung in Bioconductor in R

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Anleitung zur Übung

  • Verwende getSeq(), um die ersten 30 Basen des M-Chromosoms ("chrM") im Objekt yeastGenome zu erhalten.

Interaktive Übung

Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.

# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)

# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3

# Get the first 30 bases of chrM
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