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Wie viele Transkripte?

Erinnerst du dich im Video daran, wie wir die Länge der Exons in einem der Transkripte unseres interessierenden Gens bestimmt haben? Jetzt bist du dran: Finde heraus, wie viele Transkripte das Gen ABCD1 hat. Du kannst das so herausfinden:

transcriptsBy(x, by = "gene")

Sobald du alle Transkripte pro Gen hast, kannst du jedes Gen über seine ID auswählen. Die Gen-ID von ABCD1 ist 215. Ein kleiner Tipp, um Informationen zu einem bestimmten Gen auszuwählen: Verwende Backticks um die Gen-ID, zum Beispiel transcripts$`215`.

Diese Übung ist Teil des Kurses

Einführung in Bioconductor in R

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Anleitung zur Übung

  • Lade die Human-Transkripte-DB in hg.
  • Vorab Chromosom X mit seqlevels() filtern.
  • Hole alle Transkripte in hg nach "gene", speichere die Ergebnisse in hg_chrXt und gib sie aus.
  • Wähle das Gen `215` aus hg_chrXt mit $ aus.

Interaktive Übung

Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.

# Load the human transcripts DB to hg
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
hg <- ___

# Prefilter chromosome X "chrX" using seqlevels()
___(___) <- c(___)

# Get all transcripts by gene and print it
hg_chrXt <- transcriptsBy(___, by = ___)
hg_chrXt

# Select gene `215` from the hg_chrXt
___$___
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