Reads unterwegs filtern!
Was ist, wenn dich aus allen Reads in einer Datei nur einige interessieren? Dann kannst du einen Filter verwenden!
Angenommen, du interessierst dich nur für die Reads, die mit dem Muster "ATGCA" beginnen. Eine kleine Filterfunktion erledigt das für dich, mit Hilfe der Funktion srFilter():
myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")
Diese Funktion, die für dich erstellt wurde, nimmt ein von ShortRead abgeleitetes Objekt als Eingabe und gibt die Reads aus, die mit dem Muster "ATGCA" beginnen. Setzen wir die Funktion ein!
Diese Übung ist Teil des Kurses
<Kurs>Einführung in Bioconductor in R</Kurs>Interaktive praktische Übung
Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.
# Load package ShortRead
library(ShortRead)
# Check class of fqsample
___
# Filter reads into selectedReads using myStartFilter
selectedReads <- fqsample[___(___)]
# Check class of selectedReads
___