GenomicRanges-Accessoren
In der vorherigen Übung hast du ein GRanges-Objekt aus einem Data Frame mit Basisinformationen erstellt. Du wirst feststellen, dass GRanges noch viel mehr speichern kann!
Nutze die Accessor-Methoden, um das GRanges-Objekt myGR zu erkunden. Du kannst Eigenschaften aus einem GRanges-Objekt extrahieren, zum Beispiel Chromosomnamen, die Anzahl der Sequenzen, die Namen der einzelnen Sequenzen sowie Informationen zu Strang, Score, Länge und mehr.
Die folgenden sind grundlegende Accessoren für GRanges:
seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)
Für eine vollständige Liste der Accessoren kannst du methods(class = "GRanges") prüfen.
Diese Übung ist Teil des Kurses
<Kurs>Einführung in Bioconductor in R</Kurs>Übungsanweisungen
- Hole die Sequenzinformationen für
myGR. - Prüfe die Metadaten mit
mcols().
Interaktive praktische Übung
Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.
# Load GenomicRanges
library(___)
# Print the seqinfo of myGR
___
# Check the metadata
___