Mehr Filtern!
Großartig! Nachdem du nun etwas mit dem Filtern von Reads geübt hast, verwenden wir die Funktion polynFilter(). Diese Funktion wählt Reads aus, die weniger als eine vorgegebene Anzahl identischer, aufeinanderfolgender Nukleotide enthalten. Zum Beispiel wählt polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) alle Reads aus, die weniger als 20 A enthalten. Der Parameter nuc ist ein Character-Vektor mit IUPAC-Symbolen für Nukleotide oder dem Wert "other" für alle Nicht-Nukleotid-Symbole.
Das Objekt fqsample steht dir in deinem Workspace zur Verfügung.
Diese Übung ist Teil des Kurses
<Kurs>Einführung in Bioconductor in R</Kurs>Interaktive praktische Übung
Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.
# Check reads of fqsample
___
# Create myFil using polynFilter
myFil <- ___
# Check myFil
myFil