X-Chromosom des menschlichen Genoms
Jetzt bist du dran: Verwende das Paket TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene und extrahiere daraus Informationen. Wie im Video wirst du alle Gene auf dem X-Chromosom herausfiltern, indem du die Funktion genes() nutzt und das Argument filter so setzt, dass Instanzen mit tx_chrom = "chrX" ausgewählt werden. Danach untersuchst du diesen Gen-Teildatensatz.
Denk daran, dass filter eine list() von Filterbedingungen erhält, um bestimmte Genomintervalle auszuwählen.
Wenn du andere Filter testen möchtest, sind gültige Namen für diese Liste: "gene_id", "tx_id", "tx_name", "tx_chrom", "tx_strand", "exon_id", "exon_name", "exon_chrom", "exon_strand", "cds_id", "cds_name", "cds_chrom", "cds_strand" und "exon_rank".
Diese Übung ist Teil des Kurses
Einführung in Bioconductor in R
Interaktive Übung
Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.
# Load human reference genome hg38
library(___)
# Assign hg38 to hg, then print it
___
hg