Eine konservierte Region in sechs Leserahmen finden
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Jetzt kannst du nach der NS5-Proteinsequenz in der Zika-Virus-Sequenz suchen. NS5 ist ein sehr konserviertes Virusprotein. Es wurde für dich von Uniprot heruntergeladen und geladen.
Die DNA-Sequenz des Zika-Virus wurde in ein RNAStringSet transkribiert, namens rnaframesZikaSet. Das Set enthält sechs Leserahmen (je einer pro Sequenz), die du in Aminosäuren übersetzen kannst. Für die Suche setzt du das Argument max.mismatch in deinem Aufruf von vcountPattern(), um deine Suche flexibler zu machen.
Diese Übung ist Teil des Kurses
Einführung in Bioconductor in R
Interaktive Übung
Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.
# Print rnaframesZikaSet
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# Translate rnaframesZikaSet
AAzika6F <- ___(___)
AAzika6F