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Häufige Funktionen zur Sequenzmanipulation

Bisher hast du die gängigsten Funktionen zur Sequenzmanipulation kennengelernt:

reverse()
complement()
reverseComplement()
translate()

In der Praxis kannst du mit diesen Funktionen sehr große Sequenzen bearbeiten.

Damit du in dieser Übung den Nutzen und die Ergebnisse dieser Funktionen gut sehen kannst, arbeitest du jedoch mit einem kleinen Teil. Das Objekt zikv, das du zuvor aus dem Zika-Genom herausgefiltert hast, hat nur 30 Basen.

Diese Übung ist Teil des Kurses

<Kurs>Einführung in Bioconductor in R</Kurs>
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Übungsanweisungen

Teste die Funktionen mit zikv:

  • Kehre die Sequenz um.
  • Bilde das Komplement der Sequenz.
  • Erzeuge das Reverse-Komplement der Sequenz.
  • Übersetze die Sequenz.

Interaktive praktische Übung

Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.

# Reverse the zikv sequence
reverse(___)

# Complement the zikv sequence
___

# Reverse complement the zikv sequence
___

# Translate the zikv sequence
___
Code bearbeiten und ausführen