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Von tabellarischen Daten zu Genomic Ranges

Im Video hast du verschiedene Wege kennengelernt, GRanges-Objekte zu erstellen. Du kannst ein GRange über den Namen der Sequenz sowie Start- und Endpositionen definieren (seqnames, start und end). Wenn du Daten im Tabellenformat hast, kannst du sie ebenfalls in ein GRanges-Objekt umwandeln. Verwenden wir dafür einen Data Frame namens seq_intervals, denn so speicherst du deine Sequenzintervalle höchstwahrscheinlich. Hinweis: Du kannst auch ein tibble verwenden, wenn du damit vertrauter bist.

Du wirst den vordefinierten Data Frame seq_intervals mithilfe der Funktion as() in ein GRanges-Objekt umwandeln. Die Funktion as() wurde im letzten Video vorgestellt – sie nimmt ein Objekt und den Namen der Klasse, in die das Objekt konvertiert werden soll.

Diese Übung ist Teil des Kurses

Einführung in Bioconductor in R

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Anleitung zur Übung

  • Lade GenomicRanges.
  • Gib seq_intervals aus, um dir die Struktur anzusehen.
  • Wandle seq_intervals in ein GRanges-Objekt um und nenne das neue Objekt myGR.
  • Gib myGR aus.

Interaktive Übung

Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.

# Load GenomicRanges package
library(GenomicRanges)

# Print seq_intervals
___

# Create myGR
___ <- ___(___, "___")

# Print myGR
___
Code bearbeiten und ausführen