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Eine Stichprobe aus einer fastq-Datei ziehen

Jetzt bist du dran, aus einer Sequenz mit vielen Reads ein Beispielstück zu ziehen.

Du verwendest dieselbe Datei wie in der vorherigen Übung. Diese Datei enthält 500 Reads, jeweils 50 bp lang. Der Dateipfad ist in einem Objekt namens f gespeichert.

Mit FastqSampler(con = file_path, n = length), set.seed() und yield() kannst du 100 Reads aus deiner Sequenzdatei auswählen.

Diese Übung ist Teil des Kurses

<Kurs>Einführung in Bioconductor in R</Kurs>
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Übungsanweisungen

  • Lade ShortRead.
  • Verwende set.seed() mit dem Wert 1234.
  • Nutze FastqSampler() mit der kleinen fastq-Datei in f und wähle 100 Reads aus.
  • Verwende yield(), um die Teilsequenz zu erzeugen.

Interaktive praktische Übung

Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.

# Load ShortRead
library(ShortRead)

# Set a seed for sampling
___

# Use FastqSampler with f and select 100 reads
fs <- ___(con = ___, ___ = ___)

# Generate new sample yield
my_sample <- ___

# Print my_sample
___
Code bearbeiten und ausführen