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IRanges konstruieren

Im Video hast du einige Beispiele für den IRanges-Konstruktor gesehen. Jetzt bist du dran: Erzeuge Sequenzbereiche mit verschiedenen Argumenten und sieh dir an, wie diese Argumente wiederverwendet oder ergänzt werden.

Mit der Funktion IRanges() kannst du Parameter wie start, end oder width angeben. Diese Eingaben fallen in eine von zwei Kategorien:

  • start, end und width sind numerische Vektoren.
  • Der Parameter start ist ein logischer Vektor.

Fehlende Argumente werden über die Gleichung width = end - start + 1 aufgelöst.

Der IRanges()-Konstruktor zeigt, dass alle Parameter optional sind und standardmäßig NULL haben:

IRanges(start = NULL, end = NULL, width = NULL, names = NULL)

Diese Übung ist Teil des Kurses

<Kurs>Einführung in Bioconductor in R</Kurs>
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Übungsanweisungen

Konstruiere drei IRanges-Objekte mit folgenden Argumenten:

  • IRnum1: Ein start, der einem Vektor mit den Werten 1 bis 5 entspricht, und end gleich 100.
  • IRnum2: Ein end gleich 100 und width gleich sowohl 89 als auch 10.
  • IRlog1: start gleich Rle(c(F, T, T, T, F, T, T, T)).
  • Gib die Objekte aus und sieh dir die Ergebnisse an!

Interaktive praktische Übung

Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.

# Load IRanges package
library(___)

# IRnum1: start - vector 1 through 5, end - 100  
IRnum1 <- ___

# IRnum2: end - 100, width - 89 and 10
IRnum2 <- ___

# IRlog1: start = Rle(c(F, T, T, T, F, T, T, T)))
IRlog1 <- IRanges(___ = Rle(___))

# Print objects in a list
print(list(IRnum1 = IRnum1, IRnum2 = IRnum2, IRlog1 = IRlog1))
Code bearbeiten und ausführen