Sequenzqualität untersuchen
Jetzt bist du dran und führst eine Qualitätskontrolle für fqsample durch. Das ist ein wichtiger Schritt, um vor weiteren Analysen Datenprobleme schnell zu erkennen.
Um die Kodierungswerte für jedes Zeichen in quality() zu prüfen, verwende encoding():
encoding(quality(fqsample))
Für eine zusammenfassende Qualitätsbewertung (QA) nutze qa():
qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)
Dieses qaSummary wurde bereits für dich erstellt. Auf QA-Elemente greifst du mit qaSummary[["nameElement"]] zu, wobei nameElement der Name des Elements ist, das du untersuchen möchtest.
Diese Übung ist Teil des Kurses
Einführung in Bioconductor in R
Interaktive Übung
Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.
# Load ShortRead
library(___)
# Check quality
___(___)