Fark yaratan genler
ChIP-seq piklerini belirlemek güzel ama bu, hücrenin içinde neler olup bittiğini tek başına pek anlatmaz.
Bu egzersizde, genom açıklamalarını kullanarak ChIP-seq sonuçlarını nasıl anlamlandırabileceğine kısa bir giriş yapacaksın. R oturumuna senin için iki gen kümesi yüklendi. İlki, ar_sets, birincil ve tedaviye dirençli tümörlerdeki piklerle ilişkilendirilen tüm genlerin bir listesini içerir. İkincisi, db_sets, ilk kümenin bir alt kümesidir ve yalnızca iki koşul arasında farklı bağlanma olduğuna dair kanıt gösteren piklerle ilişkili genleri içerir.
Birincil ve tedaviye dirençli tümör örneklerine ait gen kümeleri arasındaki örtüşmeyi görselleştirmek için UpSetR paketindeki upset() fonksiyonunu kullanacaksın.
Bu egzersiz
R ile Bioconductor kullanarak ChIP-seq
kursunun bir parçasıdırEgzersiz talimatları
ar_setsnesnesinde saklanan tam gen kümelerine bir göz at.upset()fonksiyonunu kullanarak iki grup arasındaki örtüşmeyi görselleştir.- Farklı bağlanma gösteren genlere bak.
upset()fonksiyonunu kullanarak iki grup arasındaki farklı bağlanan piklerin örtüşmesini görselleştir.
Uygulamalı interaktif egzersiz
Bu örnek kodu tamamlayarak bu egzersizi bitirin.
# Take a look at the full gene sets
print(___)
# Visualise the overlap between the two groups using the `upset` function
upset(fromList(___))
# Print the genes with differential binding
___(db_sets)
# Visualise the overlap of differentially bound peaks between the two groups using the `upset` function
___(fromList(___))